勇翔通航總經理下設：運行副總、維修副總、安全副總、綜合辦、財務室。
其中運行副總管理飛行部和市場部，飛行部下設運行控制部和航務部。維修副總管理機務部和質量控制室，其中機務部下設給上修技術管理和航材管理兩個部門。安全副總管理安全辦公室，安全辦公室下設：安全監察和安全信息兩個部門。綜合辦下設：行政管理和人事管理。各部門協設工作，為通航飛行提供有力的保障。